Abad ke lima
Bogor ditilik dari sejarahnya adalah tempat berdirinya Kerajaan Hindu Tarumanagara di abad ke lima. Beberapa kerajaan lainnya lalu memilih untuk bermukim di tempat yang sama dikarenakan daerah pegunungannya yang secara alamiah membuat lokasi ini mudah untuk bertahan terhadap ancaman serangan, dan di saat yang sama adalah daerah yang subur serta memiliki akses yang mudah pada sentra-sentra perdagangan saat itu. Namun hingga kini, berdasarkan penelitian yang dilakukan oleh beberapa arkeolog ternama seperti Prof. Uka Tjandrasasmita, keberadaan tempat dan situs penting yang menyatakan eksistensi kerajaan tersebut, hingga kini masih belum ditemukan bukti autentiknya.Kerajaan Sunda
Di antara prasasti-prasasti yang ditemukan di Bogor tentang kerajaan-kerajaan yang silam, salah satu prasasti tahun 1533, menceritakan kekuasaan Raja Prabu Surawisesa dari Kerajaan Sunda. Prasasti ini dipercayai memiliki kekuatan gaib dan keramat, sehingga dilestarikan sampai sekarang. Kerajaan Padjajaran memiliki pengaruh kekuasaan tidak hanya seluas Jawa Barat, Jakarta dan Banten tapi juga mencakup wilayah Lampung.Kerajaan Sunda yang berikbukota di Pajajaran juga mencakup wilayah bagian selatan pulau Sumatera. Setelah Pajajaran diruntuhkan oleh Kesultanan Banten maka kekuasaan atas wilayah selatan Sumatera dilanjutkan oleh Kesultanan Banten.[2]Pakuan atau Pajajaran yang merupakan ibu kota pemerintahan Kerajaan Sunda (yang sering disebut juga sebagai Kerajaan Pajajaran sesuai nama ibukotanya) diyakini terletak di Kota Bogor, dan menjadi pusat pemerintahan Prabu Siliwangi (Sri Baduga Maharaja Ratu Haji I Pakuan Pajajaran) yang dinobatkan pada 3 Juni 1482. Hari penobatannya ini diresmikan sebagai hari jadi Bogor pada tahun 1973 oleh DPRD Kabupaten dan Kota Bogor, dan diperingati setiap tahunnya hingga saat ini.[3]
Zaman Kolonial Belanda
Setelah penyerbuan tentara Banten, catatan mengenai Kota Pakuan hilang, dan baru ditemukan kembali oleh ekspedisi Belanda yang dipimpin oleh Scipio dan Riebeck pada tahun 1687. Mereka melakukan penelitian atas Prasasti Batutulis dan beberapa situs lainnya, dan menyimpulkan bahwa pusat pemerintahan Kerajaan Pajajaran terletak di Kota Bogor.Pada tahun 1745, Gubernur Jenderal Gustaaf Willem baron van Imhoff membangun Istana Bogor seiring dengan pembangunan Jalan Raya Daendels yang menghubungkan Batavia dengan Bogor. Bogor direncanakan sebagai sebagai daerah pertanian dan tempat peristirahatan bagi Gubernur Jenderal. Dengan pembangunan-pembangunan ini, wilayah Bogor pun mulai berkembang.
Setahun kemudian, van Imhoff menggabungkan sembilan distrik (Cisarua, Pondok Gede, Ciawi, Ciomas, Cijeruk, Sindang Barang, Balubur, Dramaga, dan Kampung Baru) ke dalam satu pemerintahan yang disebut Regentschap Kampung Baru Buitenzorg. Di kawasan itu van Imhoff kemudian membangun sebuah Istana Gubernur Jenderal. Dalam perkembangan berikutnya, nama Buitenzorg dipakai untuk menunjuk wilayah Puncak, Telaga Warna, Megamendung, Ciliwung, Muara Cihideung, hingga puncak Gunung Salak, dan puncak Gunung Gede.
Kebun Raya Bogor
Artikel utama untuk bagian ini adalah: 
Hindia Belanda
Setelah pemerintahan kembali kepada pemerintah Belanda pada tahun 1903, terbit Undang-Undang Desentralisasi yang menggantikan sistem pemerintahan tradisional dengan sistem administrasi pemerintahan modern, yang menghasilkan Gemeente Buitenzorg.Pada tahun 1925, dibentuk provinsi Jawa Barat (provincie West Java) yang terdiri dari 5 karesidenan, 18 kabupaten, dan kotapraja (stadsgemeente). Buitenzorg menjadi salah satu stadsgemeente.
Zaman Jepang
Pada masa pendudukan Jepang pada tahun 1942, pemerintahan Kota Bogor menjadi lemah setelah pemerintahan dipusatkan pada tingkat karesidenan.Masa kemerdekaan
Pada tahun 1950, Buitenzorg menjadi Kota Besar Bogor yang dibentuk berdasarkan Undang-Undang Republik Indonesia nomor 16 tahun 1950[4].Pada tahun 1957, nama pemerintahan diubah menjadi Kota Praja Bogor, sesuai Undang-Undang nomor 1 tahun 1957[5].
Kota Praja Bogor berubah menjadi Kotamadya Daerah Tingkat II Bogor, dengan Undang-Undang nomor 18 tahun 1965[6] dan Undang-Undang nomor 5 tahun 1974[7].
Kotamadya Bogor berubah menjadi Kota Bogor pada tahun 1999 dengan berlakunya Undang-Undang nomor 22 tahun 1999[8].
